De FUMO voert de vergunningverlening, toezicht en handhaving van complexere inrichtingen uit voor alle Friese gemeenten, de provincie en het waterschap. Het waterschap heeft de advisering over vergunningverlening, toezicht en handhaving bij indirecte lozingen bij de FUMO ondergebracht. De FUMO is een gemeenschappelijke regeling van gemeenten, provincie en Wetterskip Fryslân.